Um pedido misterioso leva Wendy Marvell e sua companheira felina Charles à Vila Nanalu, apenas para descobrir que o solicitante do trabalho não existe de fato. Em vez disso, Wendy faz amizade com Yoshino, uma garota da sua idade e a única maga da vila. Wendy logo descobre que os moradores têm desaparecido lentamente, supostamente por causa da maldição de um dragão morto. Com apenas ela e Charles para assumir a tarefa, Wendy está determinada a ajudar Yoshino a salvar a vila. Fairy Tail: Blue Mistral retrata as aventuras de Wendy e Charles logo após se juntarem à Fairy Tail. Wendy enfrenta o fantasma de um dragão, uma mansão amaldiçoada e outros desafios difíceis, desesperada para provar seu valor como membro da Fairy Tail.