A história de Fate/Apocrypha se passa em um mundo paralelo ao de Fate/stay night, onde o Grande Graal foi removido de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal e desapareceu por muitos anos. Por volta dos anos 2000, na mesma época em que a Quinta Guerra do Santo Graal deveria ter ocorrido, o grupo que saqueou o Graal, Yggdmillennia, declara abertamente sua secessão da Associação dos Magos e que está em posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, mas todos, exceto um, são instantaneamente massacrados pelo Lancer da Facção Negra. O único sobrevivente consegue ativar o sistema de reserva do Grande Graal, permitindo a invocação de um total de quatorze Servos. Isso marca o início da Grande Guerra do Santo Graal em Trifas, com duas facções distintas: a Facção Negra, cujos membros fazem parte da Yggdmillennia, e a Facção Vermelha, cujos membros foram enviados pela Associação dos Magos, com exceção de um da Igreja. O próprio Graal também invoca a Serva Ruler para atuar como mediadora da Guerra do Santo Graal.