Com um único e esperançoso desejo, jovens mulheres podem se tornar garotas mágicas e assumir a tarefa ingrata de eliminar o caos oculto do mundo. Apesar disso, as garotas mágicas de Mitakihara estão se divertindo, levando vidas normais de estudantes do ensino fundamental durante o dia e trabalhando juntas como uma brilhante equipe de garotas mágicas à noite. E, no entanto... o mundo sempre foi assim? As batalhas das garotas mágicas deveriam ser desse jeito? Esses são os pensamentos de Homura Akemi, uma garota muito tímida que se transferiu recentemente para a escola e se tornou membro das garotas mágicas de Mitakihara. As vidas aparentemente perfeitas que ela e suas amigas levam fizeram Homura começar a duvidar e observar o mundo. E, enquanto ela se isola lentamente do grupo para explorar o mundo em segredo, descobre que as coisas não são o que parecem, afinal, uma dessas garotas nem deveria existir...