Em um Japão do período Edo subitamente invadido por alienígenas conhecidos como Amanto, a cultura samurai é forçada a um declínio melancólico após a proibição do porte de espadas. Nesse cenário de transição forçada, Gintoki Sakata, um samurai de passado misterioso que insiste em carregar sua espada de madeira, recusa-se a abandonar seu código de honra.

Para sobreviver, ele fundou o Yorozuya, um negócio de "faz-tudo" que aceita qualquer trabalho por dinheiro. Ao lado de Shinpachi Shimura, um jovem que busca entender o verdadeiro significado do espírito samurai, e Kagura, uma garota de força sobre-humana pertencente a uma raça alienígena temida, Gintoki se envolve em situações absurdas, perigosas e frequentemente hilárias, equilibrando a rotina cômica com momentos de ação intensa.