Quando Keiichi Maebara se mudou para a pequena vila de Hinamizawa, ele não esperava fazer amigos tão rapidamente. Agora, os dias de Keiichi são passados se divertindo e jogando com seus novos companheiros, e sua vida não poderia ser melhor. No entanto, um dia ele vê uma de suas amigas, a moleca Mion Sonozaki, trabalhando em um maid café. Decidindo provocá-la sobre isso, sua brincadeira inicial rapidamente se transforma em choque quando a garota revela que ela é, na verdade, a irmã gêmea de Mion, Shion. Por sorte, ambas as garotas querem passar o Festival Anual do Algodão Flutuante ao lado de Keiichi. Mas quando Shion quebra as regras sagradas da cidade e se esgueira para um santuário selado durante o festival, arrastando Keiichi junto com ela, as coisas pioram. Agora, Keiichi e Shion se veem com medo de serem levados por espíritos devido ao seu erro e devem encontrar uma maneira de se redimir antes que seja tarde demais.