Miyoko Tanashi vivia uma vida feliz com seus pais, mas após perdê-los em um trágico acidente de trem, sua realidade foi abruptamente destruída. Enviada a um orfanato isolado nas montanhas, ela é submetida a abusos desumanos por seus cuidadores. A fuga não é uma opção, pois os fugitivos enfrentam um destino muito pior que a morte. No entanto, Miyoko eventualmente consegue escapar e recebe ajuda do mentor de seu pai, uma pesquisadora chamada Dra. Hifumi Takano. Adotada por Hifumi e finalmente livre de seu inferno, Miyoko assume uma nova identidade para sua nova vida. Quando a pesquisa de Hifumi sobre uma doença misteriosa em uma vila nas montanhas é ridicularizada, Miyoko faz da missão de sua vida provar que a doença realmente existe. Contudo, sua missão logo se transforma em uma obsessão mortal ao chegar à vila, pois ela está mais do que disposta a provar as descobertas da doutora por todos os meios necessários. Na conclusão da história de Higurashi, destinos em conflito e vontades indomáveis se chocam neste confronto final em junho de 1983.