Shuuichi Nitori é um estudante do quinto ano que prefere atividades como cozinhar e possui um jeito naturalmente delicado. Ao ingressar em uma nova escola, ele se aproxima de Yoshino Takatsuki, uma colega alta e de comportamento masculino, a quem todos chamam de "Takatsuki-kun".

Ambos compartilham segredos profundos que não podem revelar a ninguém: o desejo de viverem de acordo com o gênero com o qual se identificam. A história acompanha esses dois amigos enquanto enfrentam as angústias, as mudanças físicas da puberdade e a complexa busca por aceitação em um mundo que insiste em defini-los por rótulos pré-estabelecidos.