Em um futuro onde a humanidade desapareceu, a Terra é habitada por formas de vida humanoides conhecidas como Gemas. Esses seres imortais, porém frágeis, vivem sob a tutela de Kongou-sensei e enfrentam a ameaça constante dos Lunares, habitantes da Lua que buscam capturá-las para transformar seus corpos preciosos em armas e adornos.

A trama acompanha Phosphophyllite, uma Gema jovem e extremamente frágil, considerada inútil para o combate. Enquanto luta para encontrar seu propósito e proteger seus companheiros, Phos acaba se envolvendo em uma sucessão de eventos que a levam a questionar a própria natureza de sua existência e o custo real de buscar poder em um mundo onde a perda é inevitável.