Em um mundo de progresso tecnológico, as mulheres são as únicas capazes de pilotar a unidade militar mais avançada da história: o Infinite Stratos (IS). Com esse poder, as mulheres assumiram o controle completo de todos os empreendimentos políticos, sociais e econômicos, relegando os homens às margens da sociedade, forçados a atender aos caprichos de suas agora, soberanas femininas. Isso muda quando Orimura Ichika, o único homem descoberto com a habilidade de pilotar um IS, é lançado aos holofotes e matriculado na prestigiosa Academia IS. Preso no meio de uma população dominada por mulheres, Ichika se propõe a provar que os homens ainda têm seu lugar neste mundo. Mal sabia ele que é exatamente o que essas mulheres estavam procurando.