No Japão Feudal, o povo de Edo está sob cerco de insetos gigantes que assolam a terra. Desesperadamente, a população implora ao governo que tome providências. Assim, é estabelecido o Escritório de Magistrados de Insetos, reunindo guerreiros poderosos para defender contra a investida das pragas. Joujuu Senjin!! Mushibugyou acompanha Jinbee Tsukishima, um jovem que se esforça para ser um mestre espadachim como seu pai. Para expiar um incidente horrível que ocorreu por sua culpa, Jinbee busca ocupar o lugar de seu pai como membro do Escritório de Magistrados de Insetos. Em sua jornada, ele conhece a adorável Haru, uma jovem que ajuda a gerenciar a casa de chá de sua família, e é forçado a usar sua espada para salvá-la de um destino terrível. Esse ato de bravura lhe rende um lugar no Escritório de Magistrados de Insetos. Será que este exterminador novato conseguirá livrar a terra da horda de insetos que a infesta?