Junjou Romantica entrelaça as histórias de três casais que estão prestes a vivenciar seus próprios romances de "coração puro". Junjou Romantica Misaki Takahashi, um jovem preparando-se para seus exames universitários, e seu tutor, Akihiko Usami — um romancista altamente aclamado — não se dão bem. Se não fosse por Takahiro, o amado irmão mais velho de Misaki e melhor amigo de Usami, os dois nunca teriam se cruzado. Mas quando Misaki descobre um romance boys-love sexualmente explícito com personagens estranhamente semelhantes a Usami e Takahiro — definitivamente escrito pelo próprio Usami — suas suspeitas sobre os motivos ocultos do homem em relação ao seu irmão são confirmadas. Após um confronto acalorado, Misaki e Usami decidem fazer uma trégua. Isso, até Takahiro visitá-los com sua nova noiva! Misaki deveria estar exultante, mas enquanto Usami simplesmente aceita a notícia com parabéns, por que ele sente essa raiva desconhecida em relação ao seu irmão? Junjou Egoist De ressaca e sofrendo por um amor não correspondido, Hiroki Kamijou está chorando em um banco de parque quando quase é atingido por um pequeno foguete. Ao ver suas lágrimas, o dono do foguete, Nowaki Kusama, não consegue deixá-lo em paz, chegando a convencer Kamijou a lhe dar aulas para seu próximo exame de proficiência do ensino médio. Mas quando o objeto do amor não correspondido de seu tutor aparece em sua porta, Nowaki reivindica Kamijou para si e declara seus sentimentos por ele. Como o orgulhoso Kamijou lidará com essa "tempestade" que ameaça afogá-lo e seu coração com amor? Junjou Terrorist Shinobu Takatsuki acredita que foi o destino que o levou a conhecer You Miyagi, que o salvou de ser extorquido por dinheiro três anos antes. As coisas se complicaram, no entanto, quando se tornaram cunhados, com Miyagi tendo se casado com a irmã mais velha de Shinobu — e assim, a notícia do divórcio recente do casal apresenta a oportunidade perfeita para Shinobu e seu herói finalmente ficarem juntos. Miyagi, no entanto, não aprecia as investidas deste "terrorista" muito jovem que não se importa com a diferença de idade e as relações complicadas deles. Ele tenta assustá-lo, mas Miyagi subestima o quão sério Shinobu é e que ele está disposto a superar qualquer obstáculo, tudo por seu "amor predestinado".