Monstros grotescos, semelhantes a Godzilla, chamados "kaijuu", têm aparecido pelo Japão há muitos anos. Para combater essas feras, uma unidade militar de elite conhecida como Corpo de Defesa arrisca suas vidas diariamente para proteger civis. Uma vez que uma criatura é morta, "limpadores"—trabalhando sob a Corporação Profissional de Limpeza de Kaijuu—ficam encarregados de descartar seus restos. Kafka Hibino, um homem de 32 anos, está insatisfeito com seu trabalho como limpador. Desde jovem, ele aspirava a se juntar ao Corpo de Defesa e matar kaijuus para viver. Após algumas tentativas fracassadas, no entanto, ele desistiu de seus sonhos e se resignou à mediocridade que proporcionava um salário decente. No entanto, quando um recruta ambicioso de 18 anos chamado Reno Ichikawa se junta à sua equipe de limpeza, Kafka é novamente lembrado de seu desejo de se juntar aos militares. Após uma série de eventos infelizes e uma interação com o limpador júnior, Kafka encontra um kaijuu tipo parasita que força sua entrada pela boca—transformando-o em um monstro humanoide. Com seus novos poderes, Kafka pretende dar uma última chance ao seu sonho de vida.