Haruto Kirishima vivia uma vida tranquila em sua cidade rural em Hiroshima até que Yuzuki Eba — uma misteriosa garota da cidade — de repente começa a morar com ele em sua casa. Com uma personalidade brilhante e caprichosa, Yuzuki deixou sua vida em Tóquio pela cidade tranquila que ela lembra com carinho de sua infância, e irrompe na vida de Haruto. Encontrando-se em uma situação embaraçosa, Haruto agora deve tolerar passar seus dias de ensino médio ao lado desta desajeitada e folgada trapalhona. No entanto, à medida que o relacionamento deles se aprofunda, seu coração oscila lentamente entre Yuzuki e sua paixão não tão secreta — sua colega de classe, Nanami Kanzaki. A vida no campo pode ser lenta e simples, mas os problemas que aguardam Haruto são tão complexos quanto o horizonte de uma cidade. Confiando na irrefutável imprevisibilidade do tempo, Kimi no Iru Machi ilustra como um único dia pode inesperadamente unir estranhos enquanto outro pode abruptamente separá-los.