A Escola Secundária Teikou é famosa por seu time de basquete altamente renomado, que produziu a famosa "Geração dos Milagres": uma equipe de cinco prodígios, cada um com suas próprias habilidades únicas, considerados imbatíveis quando chegaram ao terceiro ano. No entanto, cegos pelo orgulho, eles se separaram, entrando em diferentes escolas secundárias após a formatura. Taiga Kagami, recém-chegado da América, junta-se ao time de basquete da Escola Secundária Seirin em busca de membros fortes. Lá, ele encontra Tetsuya Kuroko, um jogador aparentemente sem destaque, apenas para Kagami descobrir que Kuroko era o "Sexto Homem Fantasma" da Geração dos Milagres: um jogador invisível que usava suas impecáveis habilidades de passe para apoiar a equipe das sombras. Juntos, eles decidem derrotar a Geração dos Milagres e tornar o time de basquete de Seirin o melhor do Japão.