Não faz muito tempo, estruturas misteriosas chamadas Dungeons começaram a surgir por todo o mundo. Ninguém sabe o que são ou como surgiram, mas aventureiros e exércitos por todo o mundo instantaneamente se interessaram por elas. Milhares partiram para explorar as Dungeons, mas até agora, nenhuma pessoa sequer retornou. Em um porto partheviano, um jovem garoto está prestes a fazer seu nome. Sinbad é de bom coração, forte e anseia por aventura. Uma boa ação o leva ao seu encontro com Yunan, um viajante enigmático que é muito mais poderoso do que sua personalidade frívola sugere. Yunan instrui Sinbad a alcançar o "poder do rei" e mudar o mundo—conquistando uma Dungeon. O garoto ansioso aceita prontamente, partindo para a grande aventura que tanto desejava. Ambientada 15 anos antes dos eventos da série original, Magi: Sinbad no Bouken narra a juventude de Sinbad como um conquistador de Dungeons. Ao longo do caminho, o aventureiro e mercador em ascensão terá que enfrentar muitos obstáculos, mas tudo é possível com o poder de um rei.