Kaito Kuroba é um estudante do ensino médio comum, cujo pai está frequentemente ausente. Quando seu pai morre sob circunstâncias misteriosas, Kaito descobre a identidade secreta do pai: um famoso criminoso internacional conhecido como Criminoso Internacional 1412, o Ladrão Fantasma. Ele também descobre que seu pai foi assassinado por uma organização misteriosa por se recusar a ajudá-los a recuperar a 'Gema Pandora', uma pedra mística que, dizem, derrama uma 'lágrima' durante a passagem de um cometa específico (muitas vezes chamado de 'Cometa Volley'), e cujo consumo concede imortalidade. Kaito jura impedir que a organização obtenha a imortalidade e assume a identidade de seu pai ao iniciar sua busca pela gema. Suas únicas pistas sobre a localização da gema são que ela brilha em vermelho sob a lua cheia e que é um 'doublet', ou seja, uma gema escondida dentro de uma gema maior. Portanto, ela deveria ser relativamente grande, com uma história bizarra, e sempre guardada em um local que nunca recebe luz da lua. Ele, então, pesquisa e rouba joias famosas e inestimáveis com histórias peculiares de áreas incrivelmente bem defendidas, e sempre as devolve após a próxima lua cheia.