Negi Springfield, um mago de 10 anos que se formou recentemente na Academia de Magia Merdiana no País de Gales, espera alcançar duas coisas — encontrar seu pai desaparecido, que já foi conhecido como o Mestre dos Mil, e se tornar um Magister Magi, alguém que ajuda o mundo cotidiano através da magia. Para alcançar seu último objetivo, ele recebe uma última tarefa: ensinar inglês em uma escola de ensino médio no Japão. Para sua grande surpresa e consternação, ele não só descobre que sua turma consiste em 31 garotas, mas também acaba revelando sua verdadeira identidade como mágico para Asuna Kagurazaka, uma de suas novas alunas. Negi deve agora negociar com a garota e enfrentar seu desafio mais difícil até então — manter sua identidade em segredo enquanto lida com ameaças mágicas tanto de dentro quanto de fora da Academia Mahora, tudo isso enquanto permanece atento em busca de seu pai perdido.