Uma garota chamada Kazumi acorda e descobre que foi sequestrada e teve suas memórias roubadas. Ela é resgatada por duas garotas, Umika Misaki e Kaoru Maki, que afirmam ser suas melhores amigas e a levam para a casa delas. Enquanto se adapta a este lugar desconhecido, Kazumi é atacada por uma bruxa e, de repente, se transforma em uma garota mágica! Após descobrir seus poderes, suas duas colegas de casa revelam a Kazumi que também são garotas mágicas, e que as três pertencem a um grupo chamado Pleiades Saints, cujo objetivo é combater bruxas. Com o início da "nova" vida de Kazumi, as coisas começam a ficar ainda mais estranhas quando eventos bizarros passam a ocorrer pela cidade. Mahou Shoujo Kazumi★Magica: The Innocent Malice explora a readaptação de Kazumi a um mundo que ela esqueceu e a percepção de que seus verdadeiros inimigos estão muito mais próximos do que ela imagina.