Madoka Kaname, de quatorze anos, tem um sonho surreal sobre uma criatura estranha e uma garota em apuros. Na manhã seguinte, uma garota misteriosa chamada Homura Akemi se transfere para a classe de Madoka; para sua surpresa, Homura parece ser exatamente a mesma garota que ela viu em seu sonho. Mais tarde naquele dia, Madoka ouve um pedido de ajuda em sua mente. Descobre-se que os gritos pertencem a um Kyuubey ferido, a criatura semelhante a um gato que também estava em seu sonho. Mas ela encontra Homura no local de Kyuubey, que avisa Madoka para se afastar da pequena entidade. Fazendo a conexão de que sua nova colega de classe atacou a criatura indefesa, Madoka pega Kyuubey e foge com a ajuda de sua melhor amiga Sayaka Miki. Após a fuga, Kyuubey oferece às garotas uma oportunidade tentadora: tornar-se uma garota mágica em troca de ter qualquer desejo concedido. No entanto, nem tudo é o que parece, pois o peso de seus desejos pode ser muito mais pesado do que elas poderiam ter esperado.