Shinichi Kudo é um estudante do ensino médio com uma capacidade dedutiva fora do comum, sendo frequentemente requisitado pela polícia para solucionar casos complexos. Durante um encontro com sua amiga de infância, Ran Mouri, ele presencia uma transação ilícita realizada por membros de uma organização misteriosa. Ao ser descoberto, Shinichi é forçado a ingerir um veneno experimental que, em vez de matá-lo, causa um efeito inesperado: seu corpo regride à forma física de uma criança de sete anos.

Para proteger sua identidade e evitar que seus inimigos terminem o serviço, ele adota o pseudônimo Conan Edogawa. Agora, vivendo sob o mesmo teto que Ran e seu pai, um detetive particular pouco habilidoso, Conan utiliza sua mente brilhante para resolver mistérios enquanto busca pistas sobre a organização que o encolheu, na esperança de um dia recuperar seu corpo original.