Shinji Ikari anseia por emoção para transformar sua vida cotidiana entediante como estudante na Academia da Fundação NERV. Seu desejo é atendido quando ele testemunha uma batalha explosiva entre dois adolescentes e um homem mais velho com grandes asas que se estendem de suas costas. Shinji reconhece esses dois adolescentes como seus colegas de classe: sua paixão, Rei Ayanami, e o novo estudante transferido, Kaworu Nagisa. Durante o encontro, Shinji, sem querer, libera um poder que parece aniquilar o homem alado. Em instâncias futuras, seu poder assume a forma de um EVA semelhante a uma arma, um armamento manifestado por sua vontade de sobreviver. Ele descobre que os seres que seus colegas de classe combatem são conhecidos como Anjos, formas transitórias de consciência que tomam posse de corpos humanos por não possuírem formas físicas próprias. Cooperando com seus dois colegas de classe, e mais tarde acompanhado pela estudante estrangeira transferida Asuka Langley Souryuu, Shinji concorda em lutar contra os Anjos que assolam sua cidade.