Yato é um deus de baixo escalão, praticamente esquecido e sem um santuário próprio. Para mudar sua realidade e alcançar a fama, ele aceita qualquer tipo de trabalho por apenas cinco ienes. Sua rotina muda drasticamente quando Hiyori Iki, uma estudante comum, tenta salvá-lo de um acidente e acaba tendo sua alma desprendida do corpo, tornando-se capaz de transitar entre o mundo dos vivos e o dos mortos.

Presa nessa condição, Hiyori exige que Yato resolva seu problema. O deus, por sua vez, precisa de uma nova arma divina — um *Shinki* — para enfrentar as ameaças espirituais que assombram a humanidade. É nesse cenário que ele encontra Yukine, um espírito rebelde que se torna seu companheiro de batalha, dando início a uma complexa relação de confiança e crescimento enquanto buscam seu lugar no mundo.