Kanata e seu amigo Tokiji são adolescentes comuns no Japão moderno. Mortes misteriosas começaram a acontecer em sua cidade, onde a cabeça da vítima se transforma em um rosto de animal e explode. Há rumores sobre esses incidentes bizarros, mas um dia um deles ocorre na escola de Kanata. Kanata é envolvido no incidente e adquire a habilidade especial de "remover seu limitador". Isso permite que ele aprimore drasticamente uma única habilidade sua, mas, após o uso, outra habilidade sai do controle. Ele encontra uma mulher misteriosa e bela, usando um traje de combate preto e justo, chamada Shiki. Ela força Kanata e Tokiji a se envolverem profundamente nesses acontecimentos. O que realmente está acontecendo? Que organização misteriosa está por trás disso? Uma conspiração de alcance global começa a se desenrolar.