Após perder os pais, Yuuichirou Amane, de oito anos, é acolhido pelo Orfanato Hyakuya, onde ele tem dificuldades para se conectar com sua nova "família". No entanto, isso logo se torna a menor de suas preocupações, quando uma grande pandemia atinge subitamente, matando todos acima dos 13 anos. Aproveitando o caos, vampiros — que antes jaziam adormecidos no subsolo — emergem e escravizam os humanos sobreviventes, usando-os como gado para colher sangue. Quatro anos depois, Yuuichirou e sua família se ajustaram à vida sob o controle dos vampiros, embora Yuuichirou ainda aspire a matar todos os vampiros e acabar com seu reinado de terror. Isso frequentemente o coloca em conflito com o colega órfão Mikaela Hyakuya, que enfatiza o uso de inteligência e engenhosidade para sobreviver. Tendo conquistado o favor entre vampiros de alta patente, Mikaela obtém conhecimento interno e o usa para planejar uma fuga ousada. Mas durante a tentativa, o grupo de órfãos é interceptado pelo oficial vampiro Ferid Bathory, que os massacra. Yuuichirou é o único membro do grupo a escapar para a superfície, onde é descoberto pela Companhia Demônio da Lua, uma unidade militar dedicada a caçar vampiros. Recebendo um convite para se juntar, Yuuichirou aceita prontamente, finalmente tendo a oportunidade de realizar suas ambições e vingar sua família.