Após desafiar um homem poderoso para proteger uma mulher de assédio sexual, Akira Kurusu se vê com uma ficha criminal por ter feito a coisa certa. As consequências desse ato o levam a se mudar para Shibuya e frequentar a Academia Shujin, após ser expulso de sua escola anterior. Rejeitado pelas pessoas ao seu redor, Akira é constantemente lembrado de manter-se discreto e passar o ano letivo sem causar problemas. Contudo, sua chegada a Shibuya é tudo, menos comum e tranquila. Akira encontra um aplicativo impossível de desinstalar em seu celular, sem saber quando o havia baixado. E, a caminho da escola, ele é pego pela chuva ao lado de Ryuuji Sakamoto, o delinquente notório da Shujin. Quando o aplicativo do celular se ativa de repente, os dois são transportados para um mundo sombrio infestado por criaturas demoníacas. Ao se verem encurralados por esses seres sombrios, um poder inato desperta em Akira, permitindo-lhe enfrentá-los. Agora munido de uma "Persona", uma manifestação de sua personalidade, Akira se une a Ryuuji para desvendar o mistério por trás desse mundo desconhecido.