Frequentemente considerados indignos de confiança, os ninjas japoneses eram, na verdade, inabalavelmente leais aos seus mestres. Mas, no Japão moderno, o estudante do ensino médio e autoproclamado ninja Rekka Hanabishi acha difícil dar continuidade ao legado deles, isto é, até que ele salva uma garota adorável chamada Yanagi Sakoshita de um grupo de delinquentes. Após o evento, Rekka considera Yanagi digna de ser sua mestra, jurando protegê-la. Como um sinal de sua confiança, os dois revelam seus segredos mais valiosos um ao outro: Yanagi pode curar ferimentos rapidamente, enquanto Rekka pode criar fogo com apenas um estalar de dedos. No entanto, sua troca deslumbrante não passa despercebida quando uma mulher misteriosa chamada Kage Houshi aparece. Ela de alguma forma sabe sobre seus poderes e os ameaça, alegando que Rekka deve ser devolvido, pois ele é o único que pode matá-la. A dupla se mantém firme, mas antes que as coisas possam escalar ainda mais, Kage Houshi parte calmamente. Pensando que a crise acabou, Rekka e Yanagi continuam suas vidas diárias, sem saber que estão prestes a ser arrastados para uma conspiração ninja de séculos, com as vidas de seus amigos e as suas próprias em risco.