A história continua de onde a primeira temporada parou, apenas alguns meses no futuro. Yuokai Gakuen foi reparada e o novo semestre está em andamento. Tsukune e sua turma estão de volta, e mais poderosos do que nunca. A verdadeira identidade de Anti-Thesis é revelada. Com novos adversários surgindo no horizonte, e algo muito mais sinistro do que a turma já enfrentou antes. Tsukune está lutando contra o monstro dentro dele. Com a ajuda de Moka, Mizore, Kurumu, Ruby e Yukari, Tsukune treina para controlar seu sangue de vampiro e obter a força para proteger o que ele mais preza. A nova temporada foca mais nas garotas, em seu passado e em suas famílias. Novos confrontos as aguardam. Novos amigos e aliados se juntarão a elas. Juntos, eles descobrirão os segredos do rosário de Moka e sua linhagem...