Alguns anos se passaram desde que Kenshin entregou sua sakabatou a Yahiko. Kaoru envia Yahiko para outro dojo, com a missão de cuidar da filha do mestre enquanto ele está ausente. No entanto, ao chegar, Yahiko descobre que o local já foi tomado por extremistas, e ele próprio acaba sendo feito refém. Agora, cabe a ele salvar a situação.