Shuji e Chise são dois estudantes do ensino médio de Hokkaido que mal estão começando um relacionamento. Então, sem aviso, um esquadrão de bombardeiros de um país desconhecido destrói a cidade de Sapporo. Toda a esperança está perdida quando, de repente, os bombardeiros são destruídos por uma pequena luz vermelha flutuando pelo céu. Neste ponto, Shuji descobre que a responsável por eliminar as forças inimigas é Chise, que se revela como uma ciborgue projetada para destruição em massa.