O palco está montado. Os preparativos estão completos. Uma grande batalha real, conhecida como "Projeto Sekirei", está prestes a dominar as ruas de Shintou Teito. Para este evento, a obscura corporação MBI desenvolveu 108 "Sekirei", seres humanoides avançados com habilidades de combate extraordinárias. Soltas pela cidade, essas Sekirei devem procurar seus "Ashikabi", mestres que podem despertar e controlar seu potencial de luta através de um beijo. Uma vez que todas as Sekirei estejam emparelhadas, elas devem lutar até que uma equipe saia vitoriosa e reivindique o enigmático grande prêmio. É aqui que entra Minato Sahashi, um ronin cuja vida é tão sombria quanto possível. De natureza fraca e insegura, suas circunstâncias se tornam ainda mais desesperadoras ao falhar nos exames de admissão da faculdade pela segunda vez. No entanto, quando ele encontra uma Sekirei chamada Musubi, um laço se forma entre eles, e ele se vê tornando seu Ashikabi. Embora comece a desfrutar de sua vida com Musubi e as outras Sekirei com quem se conectou, ele consequentemente se vê cada vez mais envolvido no Projeto Sekirei. Se Minato quiser proteger sua nova vida, ele precisará tomar uma atitude e participar desta batalha exigente e de alto risco.