Yuji Sakai, um estudante do ensino médio, é informado por uma garota estranha que ele morreu há algum tempo e que ele é uma "Tocha", um substituto temporário para humanos apagados. As Tochas assumem as formas das pessoas apagadas, mas, após um período, elas desaparecem da existência e das memórias dos vivos. Sem se abalar com sua aparente morte, Yuji faz amizade com a garota e a nomeia "Shana", em referência à sua espada. Shana decide proteger Yuji dos Denizens, que usariam sua Tocha especial e auto-reabastecível para desequilibrar o mundo, e Yuji decide se juntar a Shana em sua luta.