Shinobu é apenas uma estudante comum e, com certeza, não é uma ninja, pelo menos é o que ela afirma. No entanto, o representante de turma, Hitoyoshi Kageyama, acha difícil acreditar nisso, pois ele é a única pessoa que a vê regularmente escalando paredes, arremessando shurikens, lançando bombas de fumaça e desaparecendo sem deixar rastros. Apesar de ser uma especialista em combate e infiltração, Shinobu é completamente inexperiente quando o assunto é amizade e romance. Consequentemente, ela tem dificuldade em expressar seus sentimentos a Hitoyoshi, que, infelizmente, também é bastante lerdo. Mesmo assim, os dois se aproximam gradualmente por meio de diversas interações e atividades escolares. Nesse processo, Shinobu também experimenta a vida como uma estudante normal do ensino médio.