Em um mundo devastado pelo Segundo Impacto, a humanidade sobrevive sob a ameaça constante de seres colossais conhecidos como Anjos. A única esperança de defesa reside na NERV, uma organização secreta que utiliza os Evangelions, máquinas de combate bio-orgânicas pilotadas por jovens selecionados.

Shinji Ikari, um adolescente retraído, é convocado por seu pai para pilotar a Unidade-01. Ao assumir o controle, ele se vê preso em um conflito que vai muito além da simples sobrevivência, forçando-o a enfrentar traumas pessoais enquanto desvenda segredos obscuros sobre a existência e o futuro da própria humanidade.