Após o encerramento da Terceira Guerra Mundial, a paz retorna à Cidade Acadêmica, mas um vazio paira sobre o local: o desaparecimento de Touma Kamijou. O estudante, conhecido por seu poder de anular habilidades sobrenaturais, sumiu após salvar uma jovem e alterar o curso do conflito global.

Enquanto o mundo tenta se recuperar, novas ameaças surgem tanto do lado mágico quanto do científico. Sem a presença de Touma, heróis como Accelerator e Hamazura Shiage precisam assumir o protagonismo e enfrentar inimigos formidáveis para proteger aqueles que lhes são caros e manter a frágil estabilidade conquistada.