A raça humana foi caçada até a beira da extinção, deixando o mundo repleto de todo tipo de criaturas curiosas e misteriosas. No meio de uma floresta, um Golem solitário encontra "aquilo": um humano desgrenhado vestido em trapos e preso por correntes. Ao acolher a criança, o Golem descobre que ela se chama Somali e que não tem lembrança de seus pais. Passando tempo juntos, os dois desenvolvem um laço semelhante ao de pai e filha. O Golem decide abandonar sua obrigação como Guardião da Floresta em busca dos pais de Somali ou, no mínimo, de quaisquer outros humanos restantes. Para Somali, seus pais são a menor de suas preocupações — ela acredita que já tem o único pai de que precisa. Somali to Mori no Kamisama retrata a jornada que Somali e o Golem empreendem para encontrar outros humanos, tudo isso enquanto mantêm a identidade de Somali oculta para sua segurança.