Kyon é um calouro comum do ensino médio que há muito tempo desistiu de seus sonhos de infância de encontrar o fantástico e o sobrenatural… ou assim ele pensava. Desde o primeiro dia de aula, sua colega de classe – a bela, mas excêntrica Haruhi Suzumiya – deixa muito claro que seu único desejo é encontrar alienígenas, viajantes do tempo e psíquicos! Uma conversa casual entre os dois inspira Haruhi a formar a Brigada SOS, um clube escolar criado com o único propósito de reunir esses seres sobrenaturais. Os membros iniciais consistem na silenciosa leitora Yuki Nagato, na tímida, mas voluptuosa Mikuru Asahina, e no educado e sempre sorridente Itsuki Koizumi. Ao final deste primeiro volume, Kyon rapidamente descobre que essas aparentemente "vítimas indefesas" de Haruhi são, na verdade, membros de organizações secretas – tanto futuristas quanto alienígenas – que estão de olho em Haruhi, pois ela é o ápice de alguma grande calamidade no horizonte…