Após a Segunda Guerra Mundial, o Comando Aliado no Japão desenvolveu uma nova agência para ajudar a gerenciar o terrorismo e a violência na região do Pacífico. A agência foi composta por ninjas e, inicialmente, encarregada de lidar com assuntos domésticos. Eventualmente, esse programa cresceu para sua forma atual, gerenciando 20.000 ninjas em uma variedade de assuntos domésticos e internacionais. Um desses ninjas é Kudo. O adolescente de dezessete anos, um 'loser' do ensino médio, agora está pronto para ser a próxima linha de defesa contra um possível aumento de assassinos estrangeiros invadindo Tóquio.