Muitos duelos se passaram desde que Yuugi derrotou Maxmilion Pegasus, o riquíssimo criador do jogo de cartas colecionáveis 'Duel Monsters'. Mas Yako Tenma, o protegido de Pegasus, nunca perdoou Yuugi pelo terrível destino de seu mestre. Para atrair Yuugi, Yako sequestra Anzu Mazaki e a leva ao coração do edifício da Kaibacorp, guardada por dezenas dos duelistas mais perigosos do mundo! Contudo, o verdadeiro plano de Yako para Anzu é muito pior do que uma simples vingança.