Há um ano, Aika Fuwa e seus pais foram assassinados sob circunstâncias misteriosas. Jurando vingança contra seus assassinos, o irmão mais velho de Aika, Mahiro, parte para determinar quem encerrou sua vida prematuramente. Sem o conhecimento de Mahiro, seu amigo de infância e namorado secreto de longa data de Aika, Yoshino Takigawa, acaba sendo arrastado para a investigação após ser ameaçado com uma arma por uma mulher estranha. Yoshino descobre que Mahiro está sendo investigado pelo governo após surtos de uma misteriosa "doença do ferro" em dois locais onde ele foi visto anteriormente. Agora foragidos, a busca de Mahiro e Yoshino pelos assassinos de Aika se torna mais difícil e perigosa. Em um esforço para encontrar uma pista sobre o assassinato de sua irmã, Mahiro faz um acordo com Hakaze Kusaribe, a feiticeira mais poderosa do mundo, que está aprisionada em uma ilha deserta. Como princesa e líder do Clã Kusaribe, Hakaze promete ajudar na investigação de Mahiro se ele conseguir resgatá-la de seu confinamento. Uma vez livre, Hakaze pretende impedir o renascimento da "Árvore do Êxodo" e salvar o mundo da ruína eventual. Acreditando que Hakaze atrapalharia seus planos de ressurreição, Samon Kusaribe, ex-ajudante de Hakaze, orquestrou seu banimento e removeu sua capacidade de usar magia na ilha. Em uma tentativa desesperada de salvar o mundo dos efeitos das "Árvores do Êxodo e Gênesis", Mahiro e Yoshino se aproximam da verdade por trás da morte de Aika. Os dois descobrem que pode haver mais no assassinato dela do que inicialmente pensavam, enquanto o mundo ao redor deles cai no caos.