Sakura, de quatorze anos, começa o ensino médio com seus amigos, incluindo Syaoran, que acaba de voltar para Tomoeda. Depois de ter um sonho com uma misteriosa figura encapuzada, todas as cartas de Sakura ficam em branco e sem poder, então ela começa sua busca para descobrir o que está errado. Ao fazer isso, Sakura e seus aliados descobrem e capturam novas cartas transparentes usando uma nova chave.