Madoka Kaname e Sayaka Miki levam vidas comuns de estudantes, até que um encontro fortuito com Kyuubey, uma criatura mágica, e a chegada da misteriosa aluna transferida Homura Akemi, mudam tudo. Kyuubey oferece a elas a chance de realizar qualquer desejo em troca de se tornarem garotas mágicas e lutarem contra entidades conhecidas como bruxas.

Contudo, a oferta esconde um custo terrível que vai além do que qualquer uma delas poderia imaginar. Enquanto Homura tenta desesperadamente alertá-las sobre a verdadeira natureza desse contrato, Madoka se vê diante de uma escolha que definirá não apenas o seu destino, mas a própria estrutura do universo, em uma trama onde esperança e desespero caminham lado a lado.