Digimon infectados — monstros digitais que começaram a agir de forma descontrolada e a experimentar um bizarro aumento de poder — estão invadindo o mundo real. Enquanto Maki Himekawa e Daigo Nishijima, agentes da misteriosa Agência Administrativa Incorporada, tentam aprender mais sobre essas aparições disruptivas, a maioria das Crianças Escolhidas está ocupada se preparando para o festival de verão da Escola de Ensino Médio Geral Tsukishima. Mimi Tachikawa, tendo retornado recentemente ao Japão após viver nos Estados Unidos por anos, luta para se adaptar entre seus colegas de classe e as outras Crianças Escolhidas. Enquanto isso, ao se dedicar aos estudos, Jou Kido tem evitado deliberadamente todos os problemas relacionados a Digimon, fazendo com que seu parceiro Gomamon fuja. As ações individuais de Mimi e Jou causam atrito dentro do grupo, mesmo enquanto a ameaça dos Digimon infectados ainda paira sobre eles. Será que os dois resolverão seus conflitos pessoais a tempo de ajudar seus amigos a combater a mais recente ameaça?