As Crianças Escolhidas estão em choque após a traição de Meicoomon, o monstro digital que havia se juntado recentemente ao grupo delas ao lado de sua parceira humana, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi está determinado a diagnosticar a infecção que tomou controle de Meicoomon. Enquanto isso, Takeru Takaishi percebe que seu próprio parceiro, Patamon, começa a exibir sintomas alarmantes semelhantes aos de outros Digimon infectados, como Meicoomon. Nesse momento, as Crianças Escolhidas recebem uma mensagem da misteriosa entidade Homeostasis, que as informa que seu mundo está em perigo de destruição total — e o Mundo Digital, o lar dos Digimon, também está. Homeostasis planeja realizar um "Reboot", que irá reiniciar todos os dados que compõem o Mundo Digital e erradicar a infecção. No entanto, o Reboot também apagará as memórias de todos os Digimon, incluindo os parceiros das Crianças. As Crianças Escolhidas conseguirão deter Meicoomon antes que o Reboot se torne necessário, ou este é o fim do tempo delas junto com seus Digimon?