Para o horror de Meiko Mochizuki, sua parceira Digimon Meicoomon é forçada a evoluir para Meicrackmon e cai sob uma influência maligna no processo. Enquanto Meicrackmon desaparece para causar estragos em outro lugar, parece que o próprio Mundo Digital começa a rejeitar a presença de Meiko e dos outros Digiescolhidos. Enquanto evitam vários inimigos que os perseguem, o grupo tenta encontrar o caminho de volta para casa. No mundo humano, um mensageiro da misteriosa entidade Homeostase visita tanto o pai de Meiko quanto Daigo Nishijima da Agência Administrativa Incorporada para discutir as origens de Meicoomon. O mensageiro informa aos dois que a Homeostase planeja eliminar o monstro digital. Ao fazer isso, eles esperam evitar que mais Digimon se materializem no reino humano — independentemente dos sentimentos dos Digiescolhidos sobre o assunto.