As Crianças Escolhidas foram reunidas com seus parceiros Digimon, que não se lembram mais delas devido aos efeitos de um reset digital. Enquanto todos tentam se reconectar com seus monstros digitais, Sora Takenouchi encontra resistência de Piyomon, que se recusa teimosamente a falar com ela. De repente, um ataque de um Digimon hostil separa o grupo, espalhando-os e seus Digimon pelo Mundo Digital. De volta ao mundo humano, Daigo Nishijima da Agência Administrativa Incorporada recebe um aviso de que uma nova entidade está em busca de "Libra", que ele acredita ser um pseudônimo para Meicoomon. Por alguma razão, Meicoomon retém todas as suas memórias e, portanto, ainda se lembra de sua parceira Meiko Mochizuki, que veio sozinha ao Mundo Digital para encontrá-la. Se eles esperam identificar que outras forças têm impulsionado os incidentes até agora, as Crianças Escolhidas devem sobreviver aos obstáculos do Mundo Digital recriado e encontrar o caminho de volta para casa.