Na cidade de Fuyuki, a Quinta Guerra do Santo Graal está prestes a começar, um longo conflito de sangue, morte e sofrimento. Rin Tohsaka, uma estudante do ensino médio, treinou a vida toda para este momento: tornar-se uma maga capaz de ser uma Mestra na guerra. Ao invocar seu Servo conhecido como Archer, Rin finalmente entra na batalha.

Ao descobrir que um de seus conhecidos, Shirou Emiya, também foi envolvido na guerra, Rin se oferece para formar uma aliança por enquanto. E à medida que os dois se aproximam, Rin começa a aprender mais sobre o destino e os ideais de Shirou. No entanto, seu objetivo permanece o mesmo: vencer com a relíquia todo-poderosa que pode realizar os desejos daqueles que forem vitoriosos após a guerra – o Santo Graal.