Em uma Edo futurista dominada por alienígenas, o faz-tudo Gintoki Sakata e seus companheiros, Shinpachi e Kagura, se veem no centro de uma conspiração perigosa. Enquanto a dupla investiga o desaparecimento de Katsura, um antigo aliado de Gintoki, o protagonista aceita a missão de recuperar a Benizakura, uma espada lendária de poder sombrio que foi roubada.

À medida que os caminhos desses mistérios se cruzam, o trio descobre que a Benizakura não é apenas uma arma comum, mas a chave para um plano sinistro. Gintoki precisa confrontar fantasmas do seu passado e encarar um de seus trabalhos mais arriscados, contando com aliados inesperados para impedir o caos iminente.