Devido à chegada de alienígenas chamados "Amanto", os samurais do Japão feudal caíram em miséria e desespero. Privados de suas espadas e de sua posição, eles são agora tratados como objetos de pena e total desconsideração, enquanto os Amanto aterrorizam o país impiedosamente. Para restaurar a reputação dos samurais, o líder da Facção Anti-Estrangeiros, Kotarou Katsura, decide erradicar os Amanto — mesmo que precise recorrer a métodos violentos. Com um mecha gigante à sua disposição, ele planeja iniciar um ataque contra o Shinsengumi, um exército de samurais habilidosos dedicado a proteger a paz de Edo. Enquanto isso, Gintoki Sakata, dono da Yorozuya, e seus amigos saem para ver as cerejeiras em flor. No entanto, eles são interrompidos quando o Shinsengumi aparece, alegando que Gintoki roubou seu local para a observação das flores. Rapidamente, a situação se transforma em uma briga frenética, e os dois grupos resolvem a disputa através de um jogo de pedra-papel-tesoura — embora com métodos bastante brutais.