Com a derrota da cidade de nanometal dos Bilusaludo, a destruição da humanidade parece inevitável. Pior ainda, a recusa do Capitão Haruo Sakaki em sacrificar sua humanidade tem sido alvo de críticas das tropas Bilusaludo restantes, que o culpam por sua derrota. Em seu momento mais sombrio, os poucos humanos sobreviventes recorrem à religião dos Exifs, que promete que a devoção é o caminho para a salvação de Godzilla. No entanto, os Exif não são o que parecem. À medida que os sobreviventes se tornam cada vez mais zelosos em sua devoção, Sasaki se pergunta o que exatamente o sacerdote Metphies está escondendo — especialmente em relação à sua conexão com o monstro conhecido como Ghidorah.