Após uma batalha desesperada e muitas perdas, os humanos finalmente matam Godzilla—o monstro que fez a humanidade fugir da Terra 20 mil anos antes. Mas a criatura que as tropas de Haruo Sakaki mataram não estava sozinha; existia outro Godzilla na Terra ainda a ser derrotado. Gravemente ferido do primeiro conflito, Sakaki acorda na casa de uma jovem que é membro da tribo Houtua. Com uma semelhança chocante com os humanos, os Houtua se adaptaram para sobreviver ao clima alterado do planeta que havia sido abandonado há muito tempo. Com a maioria de seus recursos esgotados, os membros restantes das forças especiais de Sasaki lutam com a decisão de abandonar sua missão e seu planeta natal ou de travar uma batalha improvável. A esperança, no entanto, não está completamente perdida, pois os membros da raça alienígena Bilusaludo descobrem restos de sua arma anti-Godzilla, Mechagodzilla. Mesmo com esta arma poderosa em seu arsenal, a vitória parece impossível de alcançar: Godzilla passou todo esse tempo evoluindo e se preparando para derrotar qualquer um que ouse desafiar sua superioridade.